רגע לפני המחזור ה-16 בליגת נערים א' – על, הליגה החזקה של שנתון 2006, בית"ר ירושלים מקבלת לידיה שחקן נוסף, כשהפעם מדובר בשחקן הגנה בדמותו של יונתן כהן (16), מגנה הימני של הפועל חדרה עד לפני כשבועיים. את העונה הנוכחית השחקן הצעיר פתח עם מכבי חיפה, שם שיחק 3 משחקים בלבד, עד מעברו לחדרה. הצטרפותו לבית"ר ירושלים בוצעה באמצעות סוכנות "טופ סטאר". כהן מגיע למועדון, לאחר שגם ליאור זרפה הצטרף כשהשניים עברו לאחרונה במערכת המועדון.
מאז החל לשחק כהן כדורגל בשנת 2013 ועד תחילת העונה הנוכחית, כלומר במשך 10 שנים, יונתן כהן לשחקן במחלקת הנוער של מכבי חיפה, כלומר חווה את כל שכבות הגיל, מטרום ילדים ג' ועד נערים א'.
עתה כהן ישחק בקבוצתו השלישית בקריירה, כשלא מעט עיניים נשואות אליו בתקווה שיוכיח את עצמו בחלק האחורי בקבוצתו של תומר מסיקה, הנמצאת בחלקו התחתון של טבלת ליגת נערים א' – על. כהן וזרפה צפויים להיות חלק מהסגל לשבת הקרובה, כשבית"ר ירושלים תצא לוולפסון, שם תפגוש את הפועל תל אביב מהמקום ה-3 בטבלה.
שער הניצחון של קביליו יפו על מכבי חיפה