בית המשפט העליון קיבל את הערעור שהגישה רשמת העמותות במשרד המשפטים באמצעות פרקליטות המדינה, וביטל את קביעת ביהמ"ש לעניינים מנהליים בירושלים, שממנה עלה כי על רשמת העמותות להעניק לעמותה המפעילה את מכבי בני ריינה אישור ניהול תקין גם מעבר לשנת 2023, כל עוד ענייניה הכספיים מנוהלים על ידי גורם שמינה בית המשפט.
כמו כן, בהמלצת ביהמ"ש העליון, רשמת העמותות והעמותה הגיעו להסכמה לפיה שאלת קיומה של עילת פירוק טרם הוכרעה בהליך, ולכן הבקשה לפירוק העמותה תחזור לדיון בפני ביהמ"ש המחוזי בנצרת.
בחודש מאי 2023 הגישה רשמת העמותות בקשה למתן צו פירוק נגד עמותת בני ריינה, המקיימת גם חוגים לילדים ונוער, וזאת לאחר שבדיקה שערכה הרשמת בעמותה העלתה חשש כבד לליקויים חמורים בהתנהלות העמותה, ובכלל זה חשש שהעמותה חילקה רווחים לחברי ועד בניגוד לדין, וכן שכספי תרומות לא שימשו למטרות העמותה. על רקע ליקויים אלו, גם החליטה הרשמת לשלול מהעמותה את האישור על ניהול תקין שניתן לה. בקשת הפירוק נועדה להביא להבראת העמותה.
בחודש יולי 2023 קבע ביהמ"ש המחוזי בנצרת, מבלי לקיים דיון לגופה של הבקשה, כי לא קיימת בנסיבות העניין עילה לפרק את העמותה. אף על פי כן, מינה בית המשפט המחוזי בעל תפקיד אשר ירכז את ההתנהלות הכספית של העמותה.
בחודש דצמבר 2023 התנהל דיון בביהמ"ש לעניינים מנהליים בירושלים, במסגרתו נעתרה הרשמת לבקשת העמותה לקבל אישור ניהול תקין לשנת 2023, בנסיבות העניין. לצד זאת, מהחלטת ביהמ"ש עלה כי ביהמ"ש קבע גם שיש להמשיך ולתת לעמותה אישור ניהול תקין גם לעתיד לבוא, בשנים הבאות – דבר שגם לא היה חלק מההליך המשפטי – כל עוד ענייניה הכספיים מנוהלים על ידי גורם מטעם בית המשפט.
רשמת העמותות ערערה לבית המשפט העליון על שתי ההחלטות האמורות. בערעור הראשון, שהוגש ע"י מחלקת הבג"צים בפרקליטות המדינה, נטען בין היתר כי ביהמ"ש בירושלים שגה כאשר קבע קביעה אשר ממנה ניתן להבין שיש מקום להעניק לעמותה אישור ניהול תקין גם לעתיד לבוא, לשנים שלאחר 2023, כל עוד ענייניה הכספיים מנוהלים ע"י גורם שמונה ע"י בית המשפט, דבר שגם לא היה חלק מההליך שהתנהל; וכי קביעה זו מפקיעה הלכה למעשה מרשמת העמותות סמכות ושיקול דעת אשר הוקנו לה בדין.
בערעור השני, שהוגש ע"י המחלקה האזרחית בפרקליטות המדינה, נטען כי ביהמ"ש בנצרת שגה כאשר הכריע בבקשת הפירוק מבלי לקיים דיון בראיות, וכי יש להשיב אליו את ההליך כדי שיקיים דיון כנדרש בדין בבקשת הרשמת.
לאחר דיון שקיים ביהמ"ש העליון בשני הערעורים, קיבלו הצדדים את המלצת השופטים דוד מינץ, גילה כנפי-שטייניץ ויחיאל כשר, והגיעו להסכמה לפיה הערעור הראשון יתקבל, כך שהקביעה בעניין אישור ניהול תקין לשנים 2024 ואילך אינה בעלת תוקף מחייב ומשום כך מבוטלת; ובהתאם לכך, הרשמת תשקול מדי שנה את בקשות העמותה לקבלת אישור ניהול תקין בהתאם לשיקול דעתה המקצועי ובשים לב לכלל נסיבות העניין.
ביחס לערעור השני הסכימו הצדדים, בהמלצת ביהמ"ש, שהחלטת ביהמ"ש בנצרת שלא קמה עילה לפירוק העמותה, היא החלטת ביניים שנכונה לשלב שבו ניתנה בלבד, ושאלת קיומה של עילת הפירוק טרם הוכרעה. בהתאם לכך, הבקשה לפירוק תחזור לדיון בפני ביהמ"ש המחוזי בנצרת.