לאחר חמש עונות רצופות ברמת השרון, במועדון הוחלט לשדרג חוזהו של יהונתן שני, קשר בשנתון 2007, שסיים בעונה החולפת עונה ראשונה בגיל נוער. חתם לשנתיים קדימה במועדון באמצעות סוכנות השחקנים Play It, בנוכחותם של אורן שטרלינג וגל אדיר, המנהל המקצועי במחלקת הנוער.
את עונת 2024/25 החולפת סיים השחקן הצעיר עם תשע הופעות במדי הקבוצה שסיימה בפלייאוף העליון בליגת העל לנוער. בעונתו השנייה בגיל נוער מקווה יהונתן להוות בורג מרכזי בהרכב הקבוצה ולפרוץ לקראת עונת 2026/27, בה צפוי להיות חריג גיל.
מאז עונת 2020/21 שייך למחלקת הנוער של הפועל ניר רמת השרון, במדיה רשם כבר 75 הופעות. בעונה הקרובה הציפייה שלו מעצמו ומהמועדון להגיע ל-100 הופעות במחלקת הנוער של הקבוצה מהשרון, ולהיות חלק מעונה טובה, בדומה לזו שחלפה לה בליגת העל לנוער.
בעונת 2016/17 החל לשחק כדורגל במחלקת הנוער של מכבי הרצליה. לאחר שלוש עונות רצופות, בעונת 2019/20 חבר למחלקת הנוער של בית"ר טוברוק למשך עונה אחת בלבד, עד מעברו בנובמבר 2020 להפועל ניר רמת השרון.